股权激励并非万能的治理工具，其制度运行存在明显的两面性。若设计或实施不当，不仅无法实现预期的激励效果，反而可能导致"财散人散"的不利局面。
在创业早期，公司的核心任务应当是商业模式的探索与验证、主营业务的经营与市场拓展。这一阶段实施股权激励，缺乏足够的说服力。当公司价值尚未得到有效体现时即匆忙启动人才激励，往往事倍功半。股权激励真正激励人才的核心载体并非股权本身，而是以股权为载体的企业未来预期。若激励者与被激励者均无法看到或难以看清这一未来图景，失败的概率自然高于成功的概率。
企业的业务转型期同样不是实施股权激励的适宜时机。当公司处于冲刺上市未果、业绩持续下滑或市场形势发生重大不利变化等情形时，实施股权激励的条件尚不具备。
典型案例：浙江温州某服装生产企业，主营业务为中老年服装的生产与销售，在杭州多家知名商场设有专柜，业务曾一度发展迅猛。然而，电子商务兴起后，对传统线下零售渠道造成严重冲击，企业销售量急剧下滑。在此关键节点，企业的发展重点应当是解决增长问题、提升业绩、推动从传统经营模式向"互联网+"转型，同时内部管理上应以稳定现有人才和招揽新人才为重点。但该企业却选择在此时期要求员工出资入股，对所有子公司全面铺开股权激励。在此背景下推行的股权激励，其结果可想而知——方案最终以失败告终。
这一案例表明：股权激励的时机选择必须与企业的实际发展阶段和面临的战略任务相匹配，在不适宜的时机强行启动，不仅起不到激励效果，反而可能严重挫伤员工对公司的信心。
股权激励方案中的差异化安排若缺乏充分的合理性论证，可能引发部分员工对公司公正性的质疑，进而产生新的组织内部矛盾。激励对象的遴选标准、授予数量的确定依据、行权条件的设置逻辑，均需具备充分的透明度和可解释性，否则激励少数人的同时可能打击多数人的积极性。
部分创业公司在授予员工股权后，未能同步建立相应的约束机制和行权后的持续考核规则，反而催生了一些"躺在股权上"的惰性员工——他们仅享有股东权益，却不再为公司创造相应的价值。这与股权激励的初衷背道而驰。因此，激励对象的遴选必须审慎，约束机制的设置不可或缺。
若采取实股期权激励方式，其必然结果是现有股东的股权比例遭到稀释，原先相对集中的股权结构趋于分散，现有股东对公司的控制权在一定程度上将被削弱。虚拟股权由于不涉及工商登记变更和实际股东权利的转移，不会产生这一风险。
股权分散化带来的治理后果是，现有股东的经营管理活动将面临更多的内部监督。在此情况下，公司的经营管理及利润分配等事项均需走向规范化和透明化，重大事项的决策应当实现民主化。以往"家长制""一言堂"式的管理模式需要逐步调整以适应新的治理结构。
由于股权从集中转为分散，股东之间对于公司经营管理、持续发展的思路出现分歧的概率随之增加，股东之间产生矛盾并引发纠纷的风险相应提高。在方案设计阶段即应预判并防范此类风险。