公司章程是公司的"宪法"性文件，在股东之间、股东与公司之间、公司与董监高之间具有最高效力。然而，实践中大量企业使用的是工商登记代理机构提供的格式模板，其条款设计往往未能反映企业的实际治理需求。
实务中曾发生以下案例：某公司大股东持股90%，小股东持股10%，小股东担任法定代表人。双方产生矛盾后，大股东试图通过股东会决议更换法定代表人。但工商部门以其章程规定"股东会作出决议必须经全体股东一致同意"为由拒绝办理。该章程条款系代办机构直接从网络模板复制而来，签字时双方均未审查。因小股东不予配合，大股东虽持股90%却无法更换法定代表人，亦无法控制公章，公司治理陷入僵局。
实践建议： 年营业额超过500万元（即一般纳税人标准）的企业，应委托专业律师根据企业实际情况定制公司章程，而不应使用标准化模板。即使使用模板，在公司设立签署文件时，股东亦应逐条审阅章程条款的内容。
我国公司法的发展经历了三个阶段：1993年第一部《公司法》确立了"同股同权"的基本理念；2005年修订的《公司法》更加尊重公司的意思自治，为"同股不同权"提供了制度空间；2013年第三次修订进一步鼓励有限责任公司和中小企业实施差异化的股权安排。
《公司法》第四十二条规定："股东会会议由股东按照出资比例行使表决权；但是，公司章程另有规定的除外。"该条款意味着，有限责任公司可以通过公司章程对表决权作出不同于出资比例的约定，且章程约定的效力优先于法律规定。例如，两名各持股50%的股东可以通过章程约定一方享有100%的表决权。
出资比例的计算基准（认缴还是实缴）亦可由公司章程规定。原则上以认缴出资比例为准，但章程可以约定按实缴出资比例行使表决权。如需变更表决权规则，需修改公司章程，而修改章程须经代表三分之二以上表决权的股东通过。
《公司法》第三十四条规定："股东按照实缴的出资比例分取红利；但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利的除外。"分红权的计算基准为实缴出资比例而非认缴出资比例，在股东实缴期限不同的情况下尤需关注。同时，全体股东可以通过约定实现分红权的"同股不同权"，如持股50%的股东可分得90%的红利。
《公司法》第三十四条同时规定："公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例优先认缴出资的除外。"该规定为股东通过增资动态调整股权比例提供了法律基础。例如，甲持股30%、乙持股70%，双方可约定新增资本按50:50的比例认缴，以实现股权比例的逐步调整。
表决权： 股份有限公司实行严格的"同股同权"原则。《公司法》第一百零三条规定："股东出席股东大会会议，所持每一股份有一表决权。"第一百二十六条规定："股份的发行，实行公平、公正的原则，同种类的每一股份应当具有同等权利。"在股份有限公司中设置"同股不同权"的表决权安排，将因与《公司法》基本原则抵触而归于无效。
例外规定： 2019年3月上海证券交易所发布的《上海证券交易所科创板股票上市规则》就"表决权差异安排"作出了专门规定，但适用范围限于在科创板和新三板挂牌的高科技公司、互联网公司，且限制条件较多。
分红权： 《公司法》第一百六十六条规定："股份有限公司按照股东持有的股份比例分配，但股份有限公司章程规定不按持股比例分配的除外。"与有限责任公司的规定逻辑一致，"约定优于法定"。
优先认购权： 与有限责任公司不同，股份有限公司股东在公司增资时不享有法定的优先认购权。此系因有限责任公司具有"人合性"特征，而股份有限公司的股票具有流通性和开放性，不具备人合性特征。在非上市的股份有限公司中，小股东为防止股权被大股东通过增资恶意稀释，可通过公司章程约定增资须按原持股比例进行，或须经全体股东一致同意。